В середине XVIII века украинских зодчих захватила страсть к живописным композициям и пышным формам. Ярким образцом преображения художественных вкусов стал ансамбль обновленного Софийского собора. Древний храм обрел типичный для украинского барокко вид со вторым ярусом над наружными галереями, с разнообразными наличниками, балясинами, заостренными фронтонами и куполами, увенчанными характерными килевидными навершиями.

Реставрационные работы проводились по всей территории Софийского монастыря: в 1699 году началось восстановление главного собора с последующим строительством каменной колокольни южной надвратной башни. В 1730 году завершилось возведение трапезной Митрополичьего дома. С 1748 года обитель была за на новой оградой, украшенной оригинальным сооружением — брамой, названной в честь тогдашнего митрополита Рафаила Заборовского. Еще через 20 лет софийская братия переселилась во вновь отстроенный двухэтажный корпус келий, впоследствии названный бурсой.

Возрождение древней святыни связано с именем отца Рафаила, назначенного киевским митрополитом в 1731 году. Владыка не нуждался в представлении: слава о его добродетелях давно достигла Малороссии, причем в похвальных отзывах не наблюдалось лести или преувеличения. Карьера нового главы киевской епархии началасьдолжности обер-иеромонаха флота Петра Великого. Известны связи Заборовского с А. Д. Меншиковым, который, очевидно, хлопотал о назначении своего духовного наставника сначала архимандритом в Тверь, а затем епископом во Псков. Проведя значительную часть жизни в Санкт-Петербурге, митрополит проявлял удивительную заботу о Киеве: «Сей рачительный, добродетельный, любезнейший муж возобновил строение Киевобратских школ, прибавив к ним прекрасную готическую архитектуру, возвел церковь для студентов, потратив на сие знатную часть своего капитала.

Он завел в академии учение еврейского, греческого и немецкого языков. Его же стараниями окончено устроение дома в кафедральном монастыре. Около сей обители сделана каменная ограда на 448 сажен с каменною колокольнею над святыми воротами».

В 1747 году, к великому сожалению киевской паствы, митрополит скончался и был погребен в склепе Софийского монастыря. По слухам, его тело много лет сохранялось нетленным.

Романтичные литераторы рассматривали обновленный Софийский собор как проявление любви Заборовского к Киеву: «Митрополит неусыпно прилагал старание о возобновлении храмов божьих, особливо же храм Софийский занимал его внимание, в котором он по большей части собственным иждивением новый, превосходной работы устроил иконостас, резным и живописным искусством поражающий». На роскошное сооружение с позолоченными и посеребренными деталями врат была израсходована крупная сумма, пожалованная лично митрополиту Екатериной II во время ее путешествия по Малороссии в 1744 году.

Преемники Заборовского, не проявляя столь ревностной любви к Киеву, все же пеклись о благоустройстве кафедрального монастыря. В северной его части были построены каменные кельи, которые позже заняли воспитанники Софийской бурсы. Прямоугольное, сильно вытянутое в плане двухэтажное строение имеет три входа, справа и слева от которых размещаются большие залы. Оба его фасада обработаны пилястрами коринфского ордера, поставленными на высокие постаменты. Расположение пилястр отвечает внутренней планировке корпуса. Большие окна с выгнутой перемычкой и дугообразные фронтоны характерны для архитектуры 1750–1760-х годов; тамбуры у входов пристроены намного позже. Размеренный шаг пилястр, а также большие окна с фронтонами создают спокойный ритм, отчего культовая постройка напоминает обычный светский дом. Возведенная по чертежам «учеников архитектуры 3-го класса» М. Юрасова и Ф. Попова, бурса напоминает о творчестве знаменитого киевского зодчего Григоровича-Барского, во всяком случае именно его манеру отличали вышеперечисленные свойства.

Облик Митрополичьего дома, напротив, вызывает в памяти претенциозные жилища казаков — старшинские каменицы. Вначале одноэтажное, здание постепенно увеличилось еще на два уровня за счет полноценного этажа и фронтонов с окнами.