Доподлинно известно, что на подземном кладбище похоронены знаменитые деятели Киевской Руси: медики Агапит и Дамиан, художники Алимпий и Григорий, летописцы Нестор и Никон, создатели Киево-Печерского патерика Симон и Поликарп.

Святые Отцы приписывали останкам сверхъестественную силу, которой Бог наделял человека за усердное служение вере. После того как обитель стала местом массового паломничества, кости знаменитых покойников извлекли из-под земли и поместили в специальные гробницы. Доказательством того, что «святые нетленные мощи» обладали чудодейственной силой, служили устные рассказы об исцелениях, а также истории, зафиксированные в документах монастыря.

В качестве целительных средств использовалась культовая утварь, а также личные вещи чтимых старцев. В их число входил металлический головной убор Иоанна Многострадального, кресты-мощевики, железные цепи-вериги, которыми обвешивали свои тела фанатичные иноки. Возможно, кому-то помогли выздороветь мироточивые главы — черепа безымянных святых, источавшие целительное миро.

С переходом большей части братии в наземные кельи некоторые иноки все же остались жить в подземельях «ветхого монастыря». С того времени мрачные катакомбы являлись усыпальницами для монахов, тела которых укладывали в углубления стен по обеим сторонам коридоров. В царские времена пещеры лавры использовались в качестве тюрьмы. Арестанты томились в каменных мешках, куда помещали вольнодумцев, заключенных в монастырь под видом душевнобольных. Для «исправления бесноватых в уме» практиковалось лечение с применением жестоких методов.

Первые исследователи утверждали, что подземные ниши и галереи были завалены человеческими костями и черепами. Из современных фотоматериалов видно, что подземелья лавры иногда превращались в место массового захоронения. Это происходило, например, при нашествии Батыя, когда в пещерах складывали тела защитников Киева.